La missione dell'IMATI "E. Magenes" è fornire le conoscenze e le infrastrutture per lo sviluppo e la diffusione della matematica applicata e dell'informatica come strumenti per affrontare le sfide ingegneristiche e sociali. L'IMATI punta all'eccellenza nella produzione scientifica, a una presenza significativa in iniziative di alta formazione, alla partecipazione e alla leadership in progetti di ricerca internazionali, e a fornire strumenti di innovazione al sistema produttivo locale.

Con le sue tre Sezioni (Pavia, Milano e Genova), l'IMATI è un istituto di ricerca all'avanguardia nella matematica e nell'informatica per le applicazioni. Grazie alle loro competenze ad ampio spettro nello sviluppo e nell'utilizzo di metodologie dello stato dell'arte, nonché nell'adattarle a uno specifico problema, i ricercatori dell'IMATI mirano ad affrontare le sfide derivanti da applicazioni in campi eterogenei come la medicina e la biologia, l'ingegneria, le scienze sociali, il clima e l'ambiente.